Chcąc przejąć w posiadanie klasztor, musiał walczyć ze sprzeciwem rządu tureckiego. Niesprzyjająca była też sytuacja zakonów w państwach europejskich. W 1816 roku na górę Karmel przybył brat Jan Chrzciciel od Najświętszego Sakramentu, budowniczy z zawodu. Wznowił on prace porządkowe, a w 1820 roku udał się do Stambułu, aby uzyskać zgodę sułtana na odbudowę klasztoru. Zgody jednak nie uzyskał z powodu trwającej wówczas wojny grecko-tureckiej. W międzyczasie Abdallah, pasza Akki, postanowił zburzyć klasztor pod pretekstem, że mógłby on posłużyć Grekom, którzy podjęli walkę wyzwoleńczą przeciw Turkom. Znaczną część klasztoru wysadzono w powietrze, a z uzyskanych w ten sposób kamieni Abdallah wybudował w sąsiedztwie klasztoru pałac. thumb|240px|Klasztor i kościół w roku 1934 W 1825 roku, dzięki interwencji króla francuskiego Karola X, sułtan zgodził się na odbudowę klasztoru. Prace zaczęto 5 stycznia 1827 roku. Oczyszczono z gruzów fundamenty poprzedniego budynku i przygotowano materiały budowlane. Zgodnie z życzeniem króla francuskiego nowy obiekt miał być jednocześnie sanktuarium, klasztorem, hospicjum dla pielgrzymów i podróżnych, szpitalem i fortecą. 1 czerwca 1827 roku położono kamień węgielny. Starano się zapewnić ciągłość prac budowlanych, aby uniknąć starania się o kolejne pozwolenia.