Kariera trenerska Bezpośrednio po zakończeniu kariery piłkarskiej Peña został trenerem, we wrześniu 1977 zastępując Horacio Troche na stanowisku szkoleniowca beniaminka najwyższej klasy rozgrywkowej, Tampico Madero FC. Na koniec rozgrywek 1977/1978 zdołał z nim zająć wysokie, drugie miejsce w grupie, a w ligowej fazie play-off odpadł dopiero po przegranym dwumeczu półfinałowym. Po zakończeniu sezonu odszedł jednak z drużyny, przyjmując propozycję Universidadu de Guadalajara, który prowadził przez kolejny rok bez większych sukcesów. Ponadto 10 czerwca 1979 tymczasowo poprowadził w jednym spotkaniu reprezentację Meksyku, wygrywając 1:0 z Hiszpanią po bramce Manuela Guilléna. W późniejszym czasie krótko, bo od września do listopada 1979, trenował swój były klub CF Monterrey. Dwukrotnie powracał również na stanowisko szkoleniowca Tampico Madero, które piastował najpierw przez niemal cały rok 1981, a następnie od marca do maja 1983, nie odnosząc jednak żadnego osiągnięcia.