Prowadzono ponadto Odrą przewozy tranzytowe z zespołu portowego Szczecin–Świnoujście do Czechosłowacji.
W 1962 roku przygotowano nową organizację wewnętrzną przedsiębiorstwa. Reforma przeprowadzona w 1963 roku polegała na powołaniu trzech rejonów portowych (Koźle, Wrocław, Szczecin). Utworzono również bazę remontową w Nowej Soli i warsztaty stoczniowe Osobowice–Malczyce. Kolejna reorganizacja miała miejsce w 1965 roku. Rejony zostały przemianowane na oddziały. Oddziały uzyskały uprawnienia do prowadzenia inwestycji centralnych, zjednoczenia i własnych jako inwestorzy. Jednocześnie baza remontowa w Nowej Soli i warsztaty stoczniowe Osobowice-Malczyce zostały wyłączone z przedsiębiorstwa i przeniesione pod zarząd Remontowej Stoczni Rzecznej we Wrocławiu. Kolejne zmiany przeprowadzono jeszcze w 1966 i 1968 roku. Ostatnia reforma przyniosła wprowadzenie żeglugi szesnastogodzinnej, a w przewozach lokalnych kruszywa w rejonie Wrocławia i Koźla – żeglugi całodobowej. Pod koniec lat sześćdziesiątych XX wieku wycofywano z eksploatacji w PPŻnO holowniki, a jednostki armatora stanowić zaczęły wyłącznie barki i pchacze.