„Jeśli przyjąć, że na tej płycie są momenty niepotrzebnych popisów wokalnych, ‘Mercy on Me’ jest jednym z utworów, w których każdy krzyk, wrzask i płacz jest uzasadniony. Okazuje się, że Christina zdolna jest porzucić stylistykę pop i R&B, by przyjąć spowiedniczą, szczerą postawę, godną Fiony Apple” – argumentował Joseph.
Amanda Murray z witryny Sputnikmusic.com stwierdziła, że w „Mercy on Me” „Aguilera eksploruje powolny, delikatny piano jazz” i „chociaż utwór nie jest tak efektowny, jak nagrania otwierające drugi dysk Back to Basics, to nadal olśniewa”. Dziennikarz współpracujący ze stroną Amazon.com opisał piosenkę jako „ciekawą i nieoczekiwaną” oraz okrzyknął ją „ukłonem w stronę Fiony Apple„Editorial Reviews: Christina Aguilera – Back to Basics”. Amazon.com. 2006. [dostęp 2013-06-20].. Redaktorzy serwisu uncloudydays.com umieścili balladę na liście dziesięciu najlepszych piosenek gospel 2006 roku. W rozległym przypisie uzasadnili swój wybór: „Kto powiedział, że seksowne, niegrzeczne blondynki nie mogą kochać Jezusa i tworzyć niesamowity gospelowy lament, który zmiecie każdego, kto spróbuje z nimi rywalizować?