Jego reprezentacja, będąca wówczas gospodarzem turnieju, zdołała dotrzeć aż do półfinału, lecz następnie przegrała w meczu o trzecie miejsce, nie zdobywając żadnego medalu.
W 1967 roku Pérez znalazł się w ogłoszonym przez Trellesa składzie na Mistrzostwa CONCACAF, podczas których 6 marca w wygranym 4:0 meczu z Nikaraguą zadebiutował w pierwszej reprezentacji Meksyku. Na tym turnieju wystąpił jeszcze trzykrotnie, zaś jego drużyna zajęła ostatecznie drugie miejsce w rozgrywkach. 26 marca 1968, w wygranym 4:0 sparingu z Japonią, strzelił swojego pierwszego i zarazem jedynego gola w kadrze narodowej. W 1970 roku został awaryjnie powołany przez selekcjonera Raúla Cárdenasa na Mistrzostwa Świata w Meksyku, w miejsce kontuzjowanego Ignacio Jáureguiego. Tam był podstawowym defensorem swojej reprezentacji, występując od pierwszej do ostatniej minuty we wszystkich czterech spotkaniach; w fazie grupowej z ZSRR (0:0), Salwadorem (4:0) i Belgią (1:0), a także w ćwierćfinale z Włochami (1:4). Meksykanie, pełniący wówczas rolę gospodarzy, po raz pierwszy w historii na mistrzostwach świata zdołali wyjść z grupy, w której zajęli drugie miejsce, lecz odpadli z mundialu zaraz potem, w ćwierćfinale.