Później występował już wyłącznie w meczach towarzyskich, a ogółem swój bilans reprezentacyjny zamknął na 58 rozegranych konfrontacjach.
Kariera trenerska Bezpośrednio po zakończeniu kariery piłkarskiej Pérez rozpoczął pracę w roli szkoleniowca, powracając do swojego byłego zespołu Club América, tym razem jako asystent. W latach 1979–1986 współpracował w nim z José Antonio Rocą, Carlosem Reinoso i Miguelem Ángelem Lópezem, zdobywając dwa mistrzostwa Meksyku – w rozgrywkach 1984/1985 i Prode '85. Samodzielną pracę jako trener rozpoczął w połowie 1986 roku w swojej macierzystej drużynie Club Necaxa. Stołeczną ekipę prowadził przez cały następny sezon, nie odnosząc jednak żadnych sukcesów i po zakończeniu rozgrywek został zastąpiony przez Cayetano Ré. Nigdy więcej nie poprowadził już klubu w pierwszej lidze meksykańskiej. Jego kolejnym przystankiem w roli szkoleniowca była nowo powstała drugoligowa ekipa Atlético Yucatán z miasta Mérida. W sezonie 1988/1989 doprowadził ją do finału rozgrywek Segunda División, lecz jego zawodnicy przegrali wówczas w trójmeczu z Potros Neza, nie awansując do pierwszej ligi.