Po wybuchu II wojny światowej Słomniki zostały zajęte przez wojska niemieckie i znalazły się na terenie Generalnego Gubernatorstwa. Na terenie miasta i okolic działał ruch oporu. Okupanci skierowali do pracy przymusowej miejscowych Żydów, następnie dopuścili się wymordowania na miejscu kilkuset z nich i deportacji pozostałych do obozu zagłady w Bełżcu i innych miejsc eksterminacji i niewolniczej pracy. Między Słomnikami a Proszowicami nastąpił zrzut oficerów łącznikowych polskiego państwa podziemnego wykonany przez samolot 138. dywizjonu RAF.
Ofiarami zbrodni katyńskiej w 1940 było dwóch oficerów Wojska Polskiego urodzonych w Słomnikach: por. lekarz Ziemisław Kański (ur. 1906) i ppor. Władysław Domagalski (ur. 1906) i dwóch urodzonych w Słomnikach policjantów: starszy posterunkowy Stanisław Snakowski (ur. 1899) i posterunkowy Józef Barański (ur. 1908).
15 stycznia 1945 do miasta wkroczyły oddziały Armii Czerwonej, kończąc okres okupacji hitlerowskiej.
W latach 1975–1998 miasto należało do woj. krakowskiego.