Tymczasem nad Nowym Domino City zbierają się czarne chmury, a Carly oraz Misty stają się też Mrocznymi Signerami, tym samym poszerzając chaos. Akiza przegrywa walkę z Yuseiem i decyduje się walczyć z nim przeciwko Mrocznym Signerom. Odcinki 43–64 Zespół Signerów wraca do Satellite, gdzie od razu spotykają Misty, Carly, Devacka, Kalina oraz ich lidera, Romana, który okazuje się być też starszym bratem Rexa Goodwina. Dowiadując się, że przed powstaniem Króla Ciemności mogą pomóc zapieczętowanie czterech jednostek Starego Reaktora Ener-D. Tak więc decydują się rozdzielić, by szybciej wykonać zadanie. Leo, dzięki pomocy Luny udaje mu się pokonać Devacka i odzyskać Starożytnego Baśniowego Smoka, a Roman zmienia Greigera w kolejnego Mrocznego Signera. Crow wówczas toczy z nim pojedynek, podczas którego Greiger odkrywa prawdę o swoich ludziach: okazuje się, że to nie Szkarłatny Smok odpowiadał za zniknięcie wioski, a Earthbonud Immortal Chacu Challhua. W końcu przegrywa pojedynek, przy tym ginąc (gdyż Mroczni Signerzy są tak naprawdę duszami zmarłych, którzy sprzedali swoją duszę złu, by się zemścić). Tymczasem Yusei toczy walkę z Kalinem, podczas której przeprasza Kalina za to, co się stało dwa lata temu i wygrywa pojedynek kosztem życia swojego przyjaciela;