Czasy dużych formacji bombowych wykonujących swoje zadania nad terytorium Chin odeszły w przeszłość, a ich miejsce zajęły zdecydowanie mniejsze ugrupowania operujące nad Pacyfikiem, głównym rejonem walk.
Według L. Wieliczki, wyprodukowano co najmniej 808 samolotów (w tym 10 prototypów), a nadto nieznaną liczbę z 30 zamówionych w wytwórni Manpi (Manshū). Z tej liczby, 129 zbudowano jako Ki-49-I i 669 jako Ki-49-II, a następnie 6 przebudowano na Ki-49-III, 3 na Ki-58, a 2 na Ki-80.
Służba thumb|left|Ki-49 I używany w Szkole Lotnictwa Bombowego w Hamamatsu Na początku 1942 roku pierwsze Ki-49 I zaczęły trafiać do jednostek lotnictwa armii. Głównym teatrem działań nowych bombowców była Nowa Gwinea i Nowa Brytania. W tym samym czasie maszyny trafiły także do Szkoły Lotnictwa Bombowego w Hamamatsu, a w lutym tego samego roku samolot wszedł na uzbrojenie pierwszej jednostki bojowej. Był to 61 Pułk Bombowców Ciężkich, latający dotychczas na Ki-21. Jednostka stacjonowała w Kendari na Celebesie, a jej zadaniem były akcje przeciwko północnemu wybrzeżu Australii.