Wybór na patriarchę 5 czerwca 1906 został jednogłośnie wybrany przez Synod Patriarchatu Antiochii na nowego patriarchę Antiochii, następcę zmarłego wskutek otrucia Melecjusza II. Jego wybór (podobnie jak elekcja poprzednika, pierwszego od dłuższego czasu patriarchy-Araba) odbył się w atmosferze ostrego konfliktu między duchowieństwem narodowości greckiej oraz kapłanami arabskimi. Mimo potwierdzenia wyboru Grzegorza przez sułtana pozostali zwierzchnicy patriarchatów starożytnych (Konstantynopolitańskiego, Aleksandryjskiego i Jerozolimskiego) uznali go za uzurpatora. Posłuszeństwo patriarsze wypowiedziała także eparchia cylicyjska, gdzie do parafii prawosławnych należeli przede wszystkim Grecy. Do poprawy relacji międzykościelnych, jak również do odzyskania przez Grzegorza IV kontroli nad administraturą, przyczyniła się dopiero rewolucja młodoturecka, której skutki były niekorzystne dla prawosławnych patriarchatów w granicach Turcji.