Po przeszkoleniu został skierowany do 316 dywizjonu myśliwskiego. Karnkowski był 83 pilotem, który dołączył do dywizjonu. Z początkiem października 1942 roku jego nowym dowódcą w eskadrze A został Franciszek Kozłowski. Latać zaczął we wrześniu 1942 roku. 6 października 1942 roku wykonał swój lot rozpoznawczy na Spitfire Mk V (nr BM181). Wykonał później 25 startów treningowych, latał na wysokość w szyku i nad ziemią, ćwiczenie nawigacji i strzelania do celów naziemnych oraz start alarmowy.
Brał m.in. udział w bitwie powietrznej nad Belgią w 1943 roku, w lotach operacyjnych nad Francją i krajami Beneluksu, a także w lotach patrolowych nad Norwegią i Niemcami. 14 maja 1943 roku omal nie stracił życia podczas lotu bojowego. Biorąc udział w operacji Ramord 73, osłaniali Latające Fortece 8. Armii USAAF, atakujące lotnisko Wevelgem w Belgii. Wrogi brzeg wyprawa przekroczyła w rejonie Dunkierki i Nieuwpoort około godziny 12:20. Ośrodek dowodzenia podał wiadomość, że Niemcy nadlatują w sile około 50 maszyn. Focke Wulfy zaatakowały bombowce dwójkami od przodu i boków. Walka trwała kwadrans, aż do celu po czym stopniowo słabnąc, przeciągnęły się w drodze powrotnej. Kiedy para Fw 190 zanurkowała na samoloty bombowe przeleciała obok polskiej trójki. Prowadzący zakręcił w lewo za Niemcami.