14 lutego 1944 roku jednostka przeniosła się na lotnisko Woodvale.
Początkowo do 18 grudnia 1944 roku przebywał w Blackpool. Od 29 grudnia był instruktorem w 61 OTU w Rednal. Wykonał łącznie 84 loty bojowe (189 godzin i 20 minut) i 47 lotów operacyjnych (75 minut i 40 sekund). 8 marca 1945 roku otrzymał Srebrny Krzyż Virtuti Militari (nr 10768; jako jeden z dwóch oficerów ze swojego rocznika podchorążówki). Wylatał też 554 godziny treningowo. Mimo zakończenia działań wojennych w Europie stale utrzymywał gotowość bojową trenując i ćwicząc. 17 września 1945 roku Dyon Warszawski przeniósł się na szkołę ognia w Fairwood Common w Walii. Karnkowski odszedł z jednostki do Wyższej Szkoły Lotniczej w Weston-super-Mare koło Bristolu. VII kurs WSL rozpoczął się w połowie września 1945 roku, przyjęto 28 oficerów lotnictwa, trzech oficerów wojsk lądowych i jednego z marynarki. Wojskowe studia Karnkowski ukończył 7 kwietnia 1946 roku. 16 sierpnia 1946 roku ożenił się w Ashemnhaugh z pochodzącą z Torunia Polską, Xenią Marią Cresby. W Polskich Siłach Powietrznych w Wielkiej Brytanii służył do 7 stycznia 1947 roku.