Biskup Doroteusz został usunięty z katedry wraczańskiej dopiero w 1860, po wystąpieniu biskupa makariopolskiego Hilariona, który w czasie odprawianej Świętej Liturgii ostentacyjnie pominął imię patriarchy Konstantynopola w miejscu, gdzie powinien być wspominany zwierzchnik odpowiedniego autokefalicznego KościołaM. Ławreszuk: Prawosławie wobec tendencji nacjonalistycznych i etnofiletystycznych. Studium teologiczno-kanoniczne. Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Semper, 2009, s. 186–187. .. W wymienionym roku patriarcha Konstantynopola mianował go biskupem sofijskim. W roku następnym biskup Doroteusz wziął udział w soborze w Konstantynopolu, na którym patriarcha Joachim II obłożył anatemą biskupa makariopolskiego Hilariona, metropolitę weleskiego Awksencjusza oraz metropolitę płowdiwskiego Paisjusza. Obłożenie klątwą kościelną ostatniego z wymienionych nastąpiło z inicjatywy biskupa Doroteusza, który oskarżył go o sprzyjanie Bułgarom mimo greckiego pochodzenia. Swojemu wystąpieniu na soborze Doroteusz zawdzięczał nadanie godności metropolity.