W trakcie stanu wojennego był zaangażowany w działania Prymasowskiego Pomocy Osobom Pozbawionym Wolności i ich Rodzinom. Został zwolniony z pracy w IBSP decyzją ministra ze stycznia 1982Andrzej Rzepliński, Profesor Teodor Szymanowski – życiorys kryminologa, [w:] Pozbawienie wolności – funkcje i koszty. Księga jubileuszowa Teodora Szymanowskiego, red. A. Rzepliński, I. Rzeplińska, M. Niełaczowa, P. Wiktorowska, Warszawa 2013, s. 7..
Od października 1982 był zatrudniony w Instytucie Profilaktyki Społecznej i resocjalizacji. W 1983 został wybrany na członka senatu UW. W IPSIR wykładał prawo karne i wykonawcze. W 1990 został doradcą Ministra Sprawiedliwości, a w 1992 doradcą Dyrektora Generalnego Służby Więziennej, którą to funkcję sprawował do 2002.
W 1991 był współzałożycielem Polskiego Towarzystwa Kryminologicznego im. prof. Stanisława Batawii. W latach 1999–2012 z nominacji premiera został członkiem Rady Głównej ds. Społecznej Readaptacji i Pomocy Skazanym. Był jednym z twórców kodeksu karnego wykonawczego z 1997 roku.