W latach 1923–1928 w Hufcu Syberyjskim przeszło szkolenie żeglarskie 406 harcerzy na 153 rejsach. J. Jakóbkiewicz przestał prowadzić rejsy, gdy po jednym z nich – w trudnych warunkach, które uznał za wyzwanie dla siebie i harcerzy – nie zdołał bezpiecznie wprowadzić „Beniowskiego” do portu (poszycie uległo zniszczeniu, lecz załoga o własnych siłach dopłynęła do brzegu).
Zakład Wychowawczy w Wejherowie zlikwidowano w roku 1928. Działalność wychowawczą kontynuowano w różnych miejscowościach.
Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej W następnych latach Józef Jakóbkiewicz zajął się przede wszystkim medycyną morską i tropikalną. Od roku 1935 zorganizował gdyńską filię Państwowego Zakładu Higieny i objął jej kierownictwo. Do roku 1937 w placówce wykonywano badania żywności, a od lipca 1937 r. również badania bakteriologiczne;