Na początku Prospero pracował w prowincji Jiangxi, w mieście Nanfeng, wchodzącym obecnie w skład Fuzhou. 28 czerwca 1665 roku został przeniesiony do Pekinu, gdzie jednak nie przebywał zbyt długo. Doszło wówczas do pogorszenia stosunków między misjonarzami i władzami i jezuici zmuszeni byli przebywać w areszcie domowym w Kantonie. W 1666 roku Intorcetta został wybrany prokuratorem misyjnym i powierzono mu zadanie udania się z powrotem do Europy, gdzie miał omówić sprawy dotyczące misji z papiestwem. Z powodu zawirowań politycznych w podróż powrotną wyruszył dopiero w 1669 roku a do Rzymu dotarł dwa lata później. Po omówieniu najbardziej palących problemów misji jezuickiej, powrócił do Chin w 1674 roku jako wizytator papieski. Od 1678 przebywał w Hangzhou. Był pionierem w łacińsko-chińskiej ksylografii, drukowane przez niego książki posiadały bowiem litery łacińskie i znaki chińskie na jednej stronie. W czasie jego działalności w Hangzhou doszło do lokalnych prześladowań katolików i Intorcetta wraz z innymi misjonarzami interweniowali w tej sprawie u cesarza Kangxi, który rok później przychylił się do ich próśb i wydał edykt w którym nakazywał tolerować chrześcijan na terenie swojego państwa. Katolicy uzyskali te same prawa które wcześniej posiadali buddyści i taoiści.