Między 13 a 15 lipca obrońcom udało się skosić zboża rosnące między miastem a obozem szwedzkim w okolicy ruin kościoła św. Katarzyny, co pozwoliło nieco złagodzić niedobory. Poziom zapasów żywności w Toruniu nie był wystarczający, gdyż przed oblężeniem okoliczni rolnicy porzucili prace rolne, by pracować przy umocnieniach oraz przy pozyskaniu drewna na palisady. Szwedzi skutecznie odcięli miasto od zaopatrzenia z zewnątrz oraz od dostępu do wody pitnej. Wśród ludności i garnizonu zaczęły szerzyć się choroby, w tym czerwonka i szkorbut. Ze względu na choroby faktyczny stan garnizonu wynosił mniej niż połowę nominalnego i powodowały one większe straty niż starcia z wrogiem.
W połowie września do Szwedów dotarły ciężkie działa oraz posiłki liczące 4 tys. rekrutów. Zbudowali wówczas cztery umocnione stanowiska artyleryjskie, z których mogli razić miasto: na Górze św. Jakuba, na Górach Piekarskich i na Zamku Dybowskim.