Na wniosek pełnomocnika Ministra Oświaty Stanisława Kulczyńskiego został skierowany do Wrocławia, gdzie we wrześniu 1945 powierzono mu funkcję koordynatora prac związanych z przygotowaniem gmachów szkolnych do rozpoczęcia w nich zajęć lekcyjnych i wykładów. Dwa miesiące później został pracownikiem naukowym Politechniki Wrocławskiej i inicjatorem powstania Wydziału Architektury. Od połowy grudnia 1945 był adiunktem w Katedrze Budowy Miast i Osiedli, gdzie współpracował z Tadeuszem Wróblem. Uczył rysunku architektonicznego oraz prowadził ćwiczenia z form architektonicznych. W 1946 poślubił Jadwigę z Turowskich, która zmarła tydzień po porodzie w grudniu tego samego roku, miesiąc później zmarł nowo narodzony syn Jan. Tragedia ta miała ogromny wpływ na pozostałe życie Jerzego Hawrota. Od 1947 był adiunktem w Katedrze Budownictwa Utylitarnego, w 1950 obronił doktorat, była to pierwsza praca doktorska obroniona na Politechnice Wrocławskiej. W 1951 wyjechał do Szczecina, gdzie w Wyższej Szkole Inżynierskiej kierował Katedrą Historii Architektury Powszechnej, w 1953 po likwidacji tej katedry powrócił do Wrocławia. Początkowo pracował w Katedrze Historii Architektury, od 1 marca 1954 zajmował stanowisko kierownika Zakładu Historii Architektury Starożytnej i Średniowiecznej.