Podczas działań wojennych, w 1942 roku Stanier został powołany na stanowisko doradcy w ministerstwie zaopatrzenia. W roku 1944, w wieku 67 lat, zrezygnował on ze stanowiska naczelnego inżyniera w LMS. Jednak jego wpływy na dalszy rozwój kolei były odczuwalne jeszcze bardzo długo. Budowane od roku 1948 przez British Rail ujednolicone serie parowozów bazowały na wielu jego pomysłach i konstrukcjach.
Sir William Stanier zmarł 27 września 1965 roku, w wieku 89 lat, dokładnie 140 lat po uruchomieniu przez Stockton and Darlington Railway pierwszej publicznej parowej linii kolejowej.
Wyróżnienia i członkostwa W roku 1941 Stanier został prezydentem założonej przez George’a Stephensona Institution of Mechanical Engineers, która w 1957 roku przyznała mu złoty medal. 9 lutego 1943 roku król Jerzy VI Windsor nadał Stanierowi tytuł szlachecki Knight Bachelor. Jako drugi po Robercie Stephensonie i dotychczas ostatni inżynier kolejowy został 16 marca 1944 roku przyjęty do Towarzystwa Królewskiego. W 1963 roku otrzymał on Medal Jamesa Watta. Poza tym był on członkiem ekskluzywnego Klubu Athenaeum. Także jedna ze szkół w Crewe nosi jego imię.