W 1798 roku ogród, decyzją cesarza Pawła I, zaczął podlegać pod otwartą niedawno Akademię Medyko-Chirurgiczną. Dyrektor ogrodu wykładał tam kurs botaniki, ale sam ogród cierpiał na braki w finansowaniu i jego rozwój był zatrzymany. Do 1823 roku na ogród przeznaczano około 10 tysięcy rubli rocznie, co nie było wysoką kwotą. Od 1774 do swojej śmierci w 1802 roku ogrodem kierował Iwan Lepiochin. Od 1809 roku kierował nim Jason Pietrow. Ogród był w fatalnej kondycji, brak remontów spowodował, że rośliny w szklarniach nie były w stanie przetrwać srogich zim, tylko w 1818 roku z powodu chłodu stracono 180 roślin. W 1823 roku minister spraw wewnętrznych Wiktor Koczubej doszedł do wniosku, że Imperium Rosyjskie powinno stworzyć w swej stolicy ogród botaniczny na wysokim poziomie.
thumb|250px|Ogród Botaniczny w Petersburgu zimą Na początku XIX wieku znaczenie ogrodu podupadło. Został on przyćmiony przez podobną placówkę, istniejącą w podmoskiewskich Gorienkach, a założoną przez Aleksieja RazumowskiegoO. Stapf, The Imperial Botanic Garden of Peter the Great at St. Petersburg, w: Bulletin of Miscellaneous Information (Royal Gardens, Kew), Vol. 1913, No. 7 (1913), s. 245.. Po jego śmierci w 1822 roku, cesarz Aleksander I Romanow, pod wpływem Koczubeja, podjął decyzję o reorganizacji stołecznej placówki.