Artanis, protoski bohater z wojny szczepów, który niedawno został okrzyknięty Hierarchą Daelaam (frakcja protosów składająca się z Khalaitów i Nerazimów utworzona na Shakuras), jest zmuszony szukać sposobu na ostateczne zjednoczenie swojej rasy. Na szczęście znalazł jedną rzecz, która może zmobilizować wszystkich protosów – rekultywacja upadłej planety Aiur. W tym momencie rusza budowa Złotej Armady, największej floty protosów jaka kiedykolwiek została stworzona. Za jej pomocą Artanis chce przeprowadzić misję odbicia Aiur oraz podjąć próbę zbudowania nowej cywilizacji protosów na gruzach starej.
Wiele lat temu podczas pierwszej wielkiej wojny ojczysta planeta protosów Aiur została opanowana przez krwiożerczy rój zergów i pozostawała pod jego kontrolą do chwili obecnej. Po niemal pięciu latach Hierarsze Artanisowi, przywódcy protosów nareszcie udaje się zgromadzić olbrzymią flotę zwaną Złotą Armadą i rozpoczyna przygotowania do odbicia Aiuru. Jednakże w chwili inwazji na planetę objawia się pradawne zło w postaci upadłego xel’naga Amona, który wypacza protosów, niszcząc więź określającą ich kulturę, Khalę. Stamtąd Amon rozpoczyna swój atak i uwalnia do galaktyki legiony hybryd oraz ujawnia swoje prawdziwe przeznaczenie.