Z kolei Artanis i mała grupa zwolenników planują zrobić coś nieprawdopodobnego i odcinają wiązadła nerwowe, tym samym ostatecznie zrywając połączenie z Khalą. Następnie uciekają na pokładzie starożytnego statku, zwanym Włócznią Aduna.
W tym momencie rozpoczyna się podróż Artanisa, który musi ocalić swoich ludzi oraz budować nowe społeczeństwo protosów bez Khali, jednocząc – w Daelaam – zwaśnione frakcje Tal'darimów, Nerazimów czy Czyścicieli w celu odzyskania ojczystej planety i pokonania Amona, zanim pochłonie on wszelkie życie w galaktyce.
Z kolei Dominium Terran jest dość poważnie zdziesiątkowane, w wyniku czego Jim Raynor zamierza zostać na Korhalu w celu odbudowy tamtejszego społeczeństwa. Natomiast Kerrigan i jej rój zergów są zajęci poszukiwaniem Amona i jego złowrogich hybryd, dzięki czemu Artanis ma możliwość zjednoczenia rozbitych protoskich armii i powrócenie na Aiur w celu oswobodzenia planety z rąk zergów. Z kolei losy Zeratula były jak dotąd nie do końca znane, jednak gdy spotkał się z Kerrigan, przekazał jej część proroctwa. Nadchodząca ostateczna walka o przetrwanie pomiędzy trzema zjednoczonymi rasami a starożytnym złem, zdecyduje o dalszych losach Jima Raynora, Kerrigan, Zeratula i innych.