Jeden z osadzonych wykopał tunel pod strefą toalet, gdzie przedostał się do systemu rur kanalizacyjnych prowadzących na zewnątrz więzienia. Ucieczka została udaremniona dzięki dużej ilości płynów w kanalizacji. Krótko potem udaremniono kolejną próbę ucieczki, również przy użyciu wykopanego tunelu. Szin Bet było bardzo zaniepokojone tymi zdarzeniami i nakazało wykopanie wokół więzienia głębokiej fosy, którą następnie zalano betonem. Powstała w ten sposób niemożliwa do przekonania zapora, sięgająca głęboko pod ziemię. W dniu 9 marca 2003 schwytano dwóch osadzonych przy próbie ucieczki, tym razem przez ogrodzenie. Próby te pokazały, że więzienie Megiddo nie powinno być wykorzystywane do przetrzymywania najbardziej niebezpiecznych skazanych. Podjęto więc decyzję o likwidacji więzienia wojskowego i w dniu 15 lutego 2005 zakład karny został przekazany służbie więziennej. Wraz z tymi decyzjami rozpoczęto rozbudowę więzienia, budując nowe skrzydła dla osadzonych (wcześniej wielu więźniów musiało spać w namiotach).
W dniu 5 czerwca 2002 na skrzyżowaniu Megiddo w sąsiedztwie zakładu karnego doszło do samobójczego zamachu na autobus w Megiddo. W tym zamachu bombowym zginęło 17 Izraelczyków, a 43 osoby zostały ranne. Odpowiedzialność za zamach wziął na siebie Palestyński Islamski Dżihad.