Do upadku miasta przyczynił się wyzysk urzędników bizantyjskich, którzy doprowadzili do zapaści tutejsze rzemiosło włókiennicze.
W 634 roku muzułmański kalif Umar ibn al-Chattab pokonał wojska bizantyjskie i zajął miasto Scytopolis, którego nazwę zmieniono na Beisan. Dzień zajęcia miasta był świętowany jako „Dzień Beisan”. Miasto nie zostało zniszczone i nowo przybyli muzułmanie aż do VIII wieku żyli razem z chrześcijanami. Jednak miasto pod panowaniem Ummajjadów zaczęło stopniowo chylić się ku upadkowi, a zabytki rzymsko-bizantyjskiej architektury zaniedbano. W architekturze miasta coraz bardziej zaczęła dominować typowa arabska zabudowa, z ulicznymi prowizorycznymi straganami i sklepami tworzonymi pomiędzy starożytnymi kolumnami. 18 stycznia 749 roku Beisan zostało całkowicie zniszczone przez trzęsienie ziemi. Miasto nie zdołało się już odbudować, a dowodem jego postępującej dewastacji było wywożenie cennych marmurów na budowy w innych częściach kraju. Na ruinach miasta powstało kilka niewielkich osiedli mieszkaniowych, z charakterystycznymi wąskimi uliczkami arabskimi. Od 1099 roku obszar Palestyny znalazł się pod panowaniem krzyżowców, którzy utworzyli Królestwo Jerozolimskie. Około 1140 roku krzyżowcy wybudowali na północ od Beisan zamek obronny Belvoir. W samym mieście wybudowano niewielką twierdzę otoczoną fosą.