W 1250 roku panowanie nad Palestyną objęli Mamelucy. Beisan było wówczas głównym miastem postojowym dla poczty kursującej pomiędzy Damaszkiem a Kairem. W okolicy miasta uprawiano i przetwarzano trzcinę cukrową. W tym okresie wybudowano most łukowy Jisr al-Maqtua (długość łuku wynosiła 25 stóp i znajdowała się 50 stóp nad wodą). W XIV wieku w Beisan osiedlili się Żydzi powracający z diaspory. Żydowski topograf Esztori HaParchi osiedlił się w Beisan i napisał w 1322 roku traktat Kaftor wa-Ferah (pol. Pączek i kwiat) traktujący o geografii Palestyny (opublikowany w 1549 roku w Wenecji).
Historia nowożytna Od 1517 roku Palestyna znajdowała się pod panowaniem Imperium Osmańskiego. W okresie tym Beisan systematycznie traciło swoje regionalne znaczenie. Lokalna gospodarka upadała, a mieszkańcy miasta ubożeli uciskani przez turecki system feudalny, który wynajmował ziemię dzierżawcom i ściągał następnie od nich wysokie podatki. Szwajcarsko-niemiecki podróżnik Johann Ludwig Burkhart opisał w 1812 roku Beisan jako „wieś złożoną z 70 do 80 domów, których mieszkańcy byli w żałosnym położeniu”.
Historia najnowsza thumb|240px|Mapa linii kolejowej Hidżaz łączącej Damaszek z Medyną, z odnogą prowadzącą przez Beisan do Hajfy