1 października 1981 roku Katedra Matematyki została przekształcona w Instytut Matematyki. Pięć lat później utworzony został kolejny zakład - Zakład Informatyki, którego kierownikiem został dr Zbigniew Suraj. W związku z utworzeniem na mocy ustawy Sejmu z dnia 7 czerwca 2001 roku Uniwersytetu Rzeszowskiego od 1 września 2001 roku instytut rozpoczął funkcjonowanie w ramach nowo powstałego uniwersytetu.
Od 2009 roku rozpoczęto współpracę z Katedrą Matematyki Politechniki Rzeszowskiej, której efektem są odbywające się naprzemiennie co miesiąc wspólne wykłady naukowe pracowników obu placówek. W roku akademickim 2009/2010 powstał Zakład Analizy Wypukłej, którego kierownikiem został prof. dr hab. Józef Tabor, zaś kierownictwo Zakładu Równań Funkcyjnych powierzono dr hab. Jackowi Chudziakowi, zaś 1 lutego 2011 roku została powołana Pracownia Klas Akademickich, której kierownictwo objął dr Stanisław Domoradzki.