W roku akademickim 2012/2013 zniesiono dotychczasowe zakłady, tworząc w ich miejsce 3 katedry: Katedrę Analizy Funkcjonalnej, Katedrę Metod Algebraicznych i Przybliżonych oraz Katedrę Równań Różniczkowych i Statystyki. Zgodnie z zarządzeniem rektora Uniwersytetu Rzeszowskiego 1 listopada 2013 roku uległy likwidacji wszystkie instytuty i zakłady wchodzące w skład Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Tym samym usamodzielniono katedry wchodzące dotychczas w skład Instytutu Matematyki§ 1 Zarządzenia nr 138/2013 Rektora Uniwersytetu Rzeszowskiego z dnia 28 września 2013 roku dotyczące likwidacji wszystkich Instytutów i Zakładów wchodzące w skład Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego.
Od roku akademickiego 2019/2020, wskutek zarządzenia Rektora UR, Instytut został przywrócony jako jednostka organizacyjna Kolegium Nauk Przyrodniczych Uniwersytetu Rzeszowskiego.
Poczet kierowników i dyrektorów Zakład Matematyki dr Stanisław Złonkiewicz (1965–1966) Katedra Matematyki dr Stanisław Złonkiewicz (1966–1981) Instytut Matematyki prof. dr hab. Stanisław Midura (1981–1999) prof. dr hab. Józef Tabor (1999–2006) dr hab. Józef Drewniak (2006–2013) prof. dr hab. Wiesław Śliwa (2019–2020) dr hab. Jacek Chudziak (od 2020)