Podjęła decyzję, że będzie lekarzem.
Okres po powrocie ze Stanów Zjednoczonych thumb|240px|Pierwsze szkockie absolwentki Uniwersytetu Edynburskiego thumb|240px| Były Bruntsfield Hospital, Edynburg Po powrocie do Edynburga w roku 1869 Sophia Jex-Blake rozpoczęła energiczne starania o prawa – dla siebie i czterech innych kobiet – do nauki w uniwersyteckiej Medical School. W tej długiej kampanii, m.in. w publicznych wypowiedziach, ujawniał się jej „zadziorny temperament”, co nie sprzyjało sprawie. Włączeniu kobiet do akademickiej społeczności sprzeciwiły się nie tylko władze uczelni – również studenci-mężczyźni, ostatecznie jednak Parlament uchwalił prawo umożliwiające kobietom studia medyczne, w tym utworzenie – w roku 1874 – London School of Medicine for Women. Jej założycielki, Elizabeth Garrett Anderson i S. Jex-Blake, uzyskały stopień M.D. (Medical Doctor) za granicą – pierwsza w roku 1870 na Sorbonie, a druga w roku 1877 w Bernie (Szwajcaria). Kierownictwo szpitala objęła E. Garrett Anderson – osoba mniej kontrowersyjna od współzałożycielki.