S. Jex-Blake przeniosła się do Edynburga, gdzie we wrześniu 1878 roku otworzyła placówkę Provident Dispensary for Women and Children, przekształconą wkrótce w Edinburgh Hospital and Dispensary for Women and Children (apteka i 6 łóżek dla kobiet wymagających leczenia szpitalnego). W roku 1887 otworzyła również Edinburgh School of Medicine for Women (w której doszło do jej konfliktu z kilkoma studentkami, sprzeciwiającymi się surowym zasadom postępowania), a następnie konkurencyjną szkołę Scottish Association for the Medical Education for Women. Była aktywną działaczką Women's Suffrage Society. W roku 1899 przeszła na emeryturę i wyjechała z Edynburga. Zamieszkała, wspólnie z Margaret Georginą Todd (1859–1918) w małym gospodarstwie Windydene we wsi Mark Cross, ok. 5 mil od Royal Tunbridge Wells, gdzie kontynuowała kampanię w sprawie praw wyborczych dla kobiet. Tamże zmarła w dniu 7 stycznia 1912 roku.