Emigracja Bakdasz emigrował do Pragi, podczas gdy komuniści, którzy pozostali w kraju, stali się ofiarami fali aresztowań. W związku z tym poparł zamach stanu Abd al-Karima an-Nahlawiego we wrześniu 1961, po którym Syria zerwała unię. Mimo takiej deklaracji nie otrzymał możliwości powrotu do kraju ani do aktywności politycznej. Gdy w 1962 Bakdasz przybył do Syrii, został zatrzymany na lotnisku w Damaszku i zmuszony do wyjazdu. Jego położenie nie zmieniło się także po zamachu stanu w Syrii w marcu 1963, przeprowadzonym przez Komitet Wojskowy partii Baas. Nowy rząd pozbawił go praw obywatelskich.
Przez kolejne trzy lata Bakdasz żył w różnych krajach socjalistycznej Europy Wschodniej, podróżował także do Libanu. Wydał szereg publikacji poświęconych stosunkom ZSRR z krajami arabskimi, działalności partii komunistycznej w Syrii i w Libanie oraz metodom dojścia do socjalizmu.