Po zamachu stanu z 18 brumaire'a autorstwa Napoleona Bonaparte, La Poype wrócił do armii, obejmując dowództwo nad francuskimi oddziałami we Włoszech.
W okresie Konsulatu oraz wojen napoleońskich W roku 1802 La Poype został wysłany na Santo Domingo, na Karaibach. Po zawarciu traktatu z Jean-Jakiem Dessalinesem, jednym z przywódców haitańskiego powstania przeciw panowaniu francuskiemu, wyruszył w podróż powrotną do Europy w roku 1803. Nie dotarł jednak do ojczystej Francji, jako że w trakcie rejsu został pojmany przez Anglików, którzy wziąwszy go do niewoli uwięzili go w Portsmouth. Francuzom udało się wymienić go w zamian za angielskich jeńców przetrzymywanych we Francji. Pozostawał poza armią do roku 1813, gdy powierzono mu dowództwo nad garnizonem w Wittenberdze nad Łabą. W tym czasie Napoleon umacniał tam fortyfikacje. W roku 1814 La Poype wyróżnił się podczas obrony Wittenbergi w trakcie szturmu armii pruskiej pod dowództwem generała Bogislava von Tauentziena na to miasto. La Poype na czele elitarnej jednostki walczył przeciw dziesięciokrotnie liczniejszym siłom przeciwnika, wspieranym dodatkowo przez bunt mieszkańców Wittenbergi. Wobec zaistniałej sytuacji La Poype postanowił ewakuować garnizon miasta zamiast się poddawać.