Równocześnie w latach 2001-2006 zajmował stanowisko sekretarza generalnego AWU na szczeblu ogólnokrajowym.
Kariera polityczna W 2007 rozpoczął karierę polityczną na szczeblu federalnym, uzyskując mandat w Izbie Reprezentantów z okręgu wyborczego Maribyrnong, zlokalizowanego w północno-zachodniej części Melbourne. Korzystając z okazji, że w tych samych wyborach ALP odzyskała po 11 latach status partii rządzącej, wszedł do egzekutywy w randze sekretarza parlamentarnego, co w australijskich ministerstwach stanowi najniższy z trzech szczebli przewidzianych dla osób będących jednocześnie parlamentarzystami. Odpowiadał za kwestie osób niepełnosprawnych oraz dzieci. W 2010 był jednym z głównych rozgrywających podczas wewnątrzpartyjnego przewrotu, w wyniku którego Kevin Rudd został zastąpiony jako szef partii i rządu przez Julię Gillard. Wcześniej kilku wpływowych polityków ALP starszego pokolenia, m.in. były premier Bob Hawke, publicznie wskazywało na samego Shortena jako na dobrego kandydata na te stanowiska, lecz on postanowił zachować lojalność wobec Gillard, która odwdzięczyła mu się awansem na stanowisko ministra junior ministry (czyli o szczebel poniżej gabinetu) odpowiedzialnego za służby finansowe.