W końcu lat 60. była zmuszona do rezygnacji z pracy chirurgicznej, ze względu na zanikanie nerwów w prawej ręce (było to spóźnionym skutkiem operacji raka piersi w 1948 roku). W roku 1969 przeszła na emeryturę – pełniła funkcję kierownika Kliniki Chirurgii Stomatologicznej PAM do 30 września 1969 roku, a funkcję kierownika katedry do 1 sierpnia 1970 roku.
Ostatnie lata życia spędziła w Warszawie.
Odznaczenia, wyróżnienia, upamiętnienie Za udział w powstaniu warszawskim Irena Semadeni otrzymała Krzyż Walecznych, nadany przez rząd londyński w roku 1949. Otrzymała również inne odznaczenia m.in.: Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Złoty Krzyż Zasługi (1954, za zasługi w pracy naukowej i dydaktycznej w dziedzinie medycyny)., Odznaka honorowa „Za wzorową pracę w służbie zdrowia” (1953),. Medal 10-lecia Polski Ludowej (1955),. Złota Odznaka Honorową Gryfa Pomorskiego (1958).
Została pochowana na Cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie(kwatera L-1-3)śp. Władysław Semadeni;