Po zwolnieniu i powrocie do niepodległej Polski początkowo trafił do Sanoka, następnie uczestniczył w wojnie polsko-ukraińskiej 1918–1919 (w tym walkach o Przemyśl) oraz wojnie polsko-bolszewickiej 1920 (na stanowisku dowódcy kampanii piechoty). Został awansowany do stopnia porucznika rezerwy piechoty w Korpusie Oficerów Piechoty ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919. W 1923, 1924, 1934 był przydzielony jako oficer rezerwowy do 75 pułku piechoty, i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Kraków Miasto.
Po powrocie na uniwersytet został młodszym asystentem prof. Kazimierza Roupperta w Zakładzie Botanicznym im. Janczeskiego w Katedrze Anatomii i Fizjologii Roślin na Wydziale Filozoficznym UJ. W 1922 doktoryzował się i został starszym asystentem, a w 1931 uzyskał habilitację (praca z 1927 pt. „Badania cytologiczne nad rozwojem Scirpus”) i został adiunktem w wydziale botaniki Wydziału Rolniczego UJ. W kwietniu 1932 został profesorem nadzwyczajnym i objął kierownictwo utworzonej wówczas Katedry Anatomii i Cytologii Roślin na Wydziale Filozoficznym UJ.