Wspólnie ze swoim przyjacielem, biskupem kaniowskim Makarym, skupiał wokół siebie przeciwników Żywej Cerkwi na ziemiach ukraińskich, organizował także tajne wspólnoty wiernych i wyświęcał nowych duchownych.
Publicznie krytykował władze radzieckie i Żywą Cerkiew. W związku z tym pierwszy raz został aresztowany w 1922. Po półrocznym aresztowaniu odzyskał wolność, lecz nie mógł wrócić do Ananjewa. Zamieszkał we wsi Swietoszyno, skąd nadal starał się kierować podległymi mu strukturami cerkiewnymi, kontaktując się z duchowieństwem i z biskupem Makarym za pośrednictwem zaufanych kobiet. Następnie przeniósł się do Kijowa, gdzie po raz drugi został aresztowany i przewieziony do Moskwy. Zobowiązano go do zamieszkania w Monasterze Daniłowskim bez prawa wyjazdu. W klasztorze związał się ze środowiskiem tzw. opozycji daniłowskiej – skupionej wokół przełożonego monasteru arcybiskupa Teodora grupy najbardziej radykalnych w swoim antykomunizmie grupy prawosławnego duchowieństwa rosyjskiego. Gdy w 1924 Teodor został aresztowany, na czele monasteru stanął biskup Parteniusz. Po śmierci patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Tichona stał się następnie jednym z najbliższych współpracowników locum tenens patriarchatu, metropolity krutickiego i kołomieńskiego Piotra. W 1925 został po raz trzeci aresztowany, razem z metropolitą Piotrem.