Skazano go na trzyletnią zsyłkę do Komi za działalność antyradziecką.
Po odbyciu kary biskup Parteniusz nielegalnie wrócił do Monasteru Daniłowskiego i w tajemnicy kontynuował w nim działalność duszpasterską. Pozostawał w stanie spoczynku. Utrzymywał kontakt z zesłanym metropolitą Piotrem oraz z metropolitą kazańskim Cyrylem. Pozostawał w wyraźnej opozycji wobec zastępcy locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolity Sergiusza, a po wydaniu przez niego deklaracji lojalności Kościoła wobec władz radzieckich wypowiedział mu posłuszeństwo i zerwał łączność kanoniczną. Po raz czwarty został aresztowany w 1929, gdy oskarżono go o nakłanianie wiernych do protestów przeciwko likwidacji jednej z cerkwi Monasteru Daniłowskiego. Po raz drugi został skazany na trzyletnie zesłanie, tym razem do Kazachstanu. W drodze z więzienia na Butyrkach na zsyłkę został pobity i trafił do szpitala więziennego w Samarze. Karę odbywał w Uil w regionie Aktiubińska. We wrześniu 1933, po upływie czasu wyroku, nakazano mu zamieszkanie w Skopinie.