Proces Reuchlina nie był jedynym, w którym Jakob van Hoogstraten uczestniczył jako papieski inkwizytor. W 1512 w Hadze przewodniczył procesowi awerroisty Hermanna van Rysswick. Ponieważ już dziesięć lat wcześniej został on skazany na pokutę przez innego inkwizytora, Hoogstraten potraktował go jako recydywistę i skazał na śmierć przez spalenie na stosie. Ponadto, już po wystąpieniu Lutra, uczestniczył w kilku procesach przeciwko zwolennikom reformacji w Niderlandach. W 1523 uczestniczył w przesłuchaniach augustiańskich mnichów z Antwerpii, a w 1525 w Utrechcie wydał wyrok śmierci na niejakiego Willema Dirksza. Wydał także kilka dzieł polemicznych wymierzonych w luteranizm.
Jakob van Hoogstraten zmarł w Kolonii w wieku około 70 lat.
Dzieła Jakob van Hoogstraten jest autorem wielu dzieł, w większości o polemicznym charakterze Defensorium fratrum mendicantium contra curatos illos qui privilegla fratrum injuste impugnat (Kolonia, 1507), polemika z krytykami zakonów żebraczych; Defensio scholastica principum Alemanniæ in eo, quod sceleratos detinent insepultos in ligno contra P.