powrócono do reguły benedyktyńskiej.
Kres umiarkowanie dobrze rozwijającemu się klasztorowi przyniosła konwersja książąt palatynów na luteranizm, a następnie kalwinizm. Po śmierci przeoryszy Brygidy von Pfalz-Simmern w 1562 r. nie wybrano jej następczyni, choć jeszcze co najmniej 10 lat w budynkach klasztornych mieszkały zakonnice. W 1598 r. w budynkach klasztornych książę elektor palatyński Fryderyk IV powołał fundację neuburską jako wiejską rezydencję dla swojej żony Luizy Juliany. W latach 1622–1631, gdy Palatynat Reński był pod kontrolą katolickiej Bawarii, budynki klasztorne zajmowali jezuici. W latach 1671–1681 funkcjonował w nich ośrodek dla dobrze urodzonych dziewcząt.
W 1685 r. tron książąt palatynów reńskich przejęła katolicka gałąź linii palatyńskiej dynastii Wittelsbachów. W 1706 r. budynki klasztoru przejęli jezuici, którzy odnowili budynki. W tym czasie po raz pierwszy starania o odzyskanie klasztoru podjęli benedyktyni. W 1773 r. zgodnie z decyzją papieską zakon jezuitów rozwiązano.