Instytucja ta była niezależna od państwa, podczas gdy Unia korzystała z zasiłków państwowych. W 1897 roku rozpoczęli działalność adwentyści dnia siódmego.
XX wiek W 1904 roku oba Kościoły reformowane Belgii (Zjednoczony Kościół Protestancki w Belgii oraz Eglise Chrétienne Missionnaire) powołały do życia towarzystwo w celu opracowania historii protestantyzmu w Belgii, a w 1910 roku utworzyły sojusz misyjny Société Belge des Missions Protestantes en Congo do pracy misyjnej w Kongo. Po I wojnie światowej, rozpoczęły w Belgii działalność amerykańskie wspólnoty wyznaniowe: Belgijska Misja Ewangelizacyjna i metodystów – Kościół Ewangelicko-Metodystyczny. W 1924 roku została utworzona unia z 2 najstarszych Kościołów reformowanych Fédération des Eglises de Belgique, do której następnie przystąpili metodyści, liberalni ewangelicy, baptyści i wolne Kościoły reformowane. Od 1925 roku nauka religii protestanckiej, weszła do szkół publicznych. W czasach międzywojennych w 1931 roku i po 1945 roku pojawiły się w Belgii liczne grupy zielonoświątkowców, zwłaszcza z Ameryki. W czasie II wojny światowej wielu pastorów zostało deportowanych lub skazanych na śmierć. W 1954 utworzono teologiczny fakultet międzywyznaniowy w Brukseli (Union des Eglises Protestantes Evangélique, Eglise Chrétienne Missionnaire, Eglise Evangélique