Z dniem 1 kwietnia 1947 strażnica, pozostając nadal w strukturach 15 komendy odcinka, została przekazana do Szczecińskiego Oddziału WOP nr 3 i przeniesiona do MiędzyzdrojówRozkaz organizacyjny szefa Departamentu WOP nr 013 z 21.03.1947.. thumb|Żołnierze WOP w świetlicy (1948) W związku z reorganizacją oddziałów WOP w 1948, strażnica podporządkowana została dowódcy 46 batalionu OP.
Od stycznia 1951 strażnica podlegała dowódcy 125 batalionu WOP. Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic, a 75 strażnica WOP Międzyzdroje I kategorii otrzymała nr 71. Rozkazem organizacyjnym dowódcy WOP nr 0148 z 2 września 1963 przeformowano Strażnicę WOP Międzyzdroje na Strażnicę WOP Międzyzdroje nadmorską kategorii II.
W 1965, rozformowany został batalion portowy WOP Świnoujście, a Strażnicę WOP Międzyzdroje podporządkowano bezpośrednio pod sztab brygadyRozkaz organizacyjny dowódcy WOP nr 040/WOP z 27.04.1965..
W 1968, powtórnie sformowano batalion nadmorski WOP ŚwinoujścieZarządzenie szefa Sztabu Generalnego nr 013/org z 15.01.1968..