Strażnica weszła w jego skład, jako 2 strażnica WOP Międzyzdroje nadmorska III kategorii.

Strażnica WOP Międzyzdroje do 15 maja 1991 była w strukturach Pomorskiej Brygady Wojsk Ochrony Pogranicza<ref name="Strażnica Międzyzdroje".

Straż Graniczna: 16 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, strażnica Międzyzdroje weszła w podporządkowanie Pomorskiego Oddziału Straży Granicznej w Szczecinie i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Międzyzdrojach (Strażnica SG w Międzyzdrojach).

Na podstawie zarządzenia nr 017 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 12 marca 1992 przeformowano Pomorski Oddział SG wg etatu nr 44/039 i 2 czerwca 1992 strażnica w Międzyzdrojach przeszła w podporządkowanie komendanta Morskiego Oddziału Straży Granicznej w Gdańsku. Początkowo była to strażnica, następnie Zespół Obserwacji Wzrokowo–Technicznej, później znów strażnica.

W 2002, Strażnica SG w Międzyzdrojach miała status strażnicy SG I kategoriiZarządzenie Komendanta Głównego Straży Granicznej nr 3 z 11.01.2002..