Wpływ natlenionych wód z Atlantyku nie jest w stanie dostarczyć wystarczającej ilości tlenu dla utlenienia rozkładającej się na dnie biomasy, dodatkowo powoduje stratyfikację termohalinową: chłodniejsze i bardziej słone wody atlantyckie zalegają pod wysłodzonymi i cieplejszymi wodami spływającymi z rzek zlewni Bałtyku, przez co ich mieszanie jest ograniczone, w konsekwencji utrudniony jest dostęp tlenu z powietrza do głębszych wód. Sytuacja poprawia się co kilka lat i na krótko w wyniku większych wlewów wód atlantyckich do Bałtyku. W wyniku zalegania silniej zasolonych i natlenionych wód oceanicznych w głębinach odciętych płytkimi progami oraz z powodu odcięcia od wód powierzchniowych halokliną sukcesywnie następuje spadek zawartości tlenu, aż do jego całkowitego zużycia. Dalszy rozkład materii organicznej docierającej do głębszych warstw z wód powierzchniowych wiąże się już z powstawaniem siarkowodoru. Od lat 50. do końca 70. XX wieku siarkowodór powstawał okresowo, od tego czasu gaz ten jest już stale stwierdzany w Bałtyku poniżej głębokości od 130 do 250 m.