„El Indio” napisał również scenariusz do filmu Wyspa namiętności (1942), którego był również reżyserem. Jego kolejne filmy odniosły sukces nie tylko w Meksyku, ale także w pozostałych krajach Ameryki Łacińskiej. Za melodramat Maria Candelaria (1944) został nagrodzony Złotą Palmą na pierwszym w historii MFF w Cannes. Nagrodę otrzymał także jego operator Gabriel Figueroa. Fernández wypracował swój własny styl. Jego koncepcja meksykańskiej wsi stała się standardem w branży filmowej, kreując obraz Meksyku na świecie.
Do innych znanych filmów Fernándeza należą Porzuceni, Bugambilia (1945; z Dolores del Río i Pedro Armendárizem, głównymi aktorami Fernándeza w Meksyku), Enamorada (1946), Perła (1947), Río Escondido (1948) i Maclovia (1948), Paloma (1949; z inną muzą Fernándeza: jego żoną Columbą Domínguez) i The Torch (1950; nakręcony w Stanach Zjednoczonych, z Paulette Goddard). W 1947 roku, Fernández wyreżyserował część scen do obrazu Uciekinier w reżyserii irlandzko–amerykańskiego twórcy Johna Forda.