W połowie lat 50. filmy Fernándeza stały się mniej popularne. Filmowiec został zepchnięty na boczny tor przez innych meksykańskich reżyserów, takich jak Luis Buñuel. Fernández wrócił do aktorstwa. W Meksyku wystąpił w takich filmach jak La Cucaracha (1959; z Marią Félix i Dolores del Río) oraz El Crepúsculo de un Dios (1969; którego był także reżyserem). Obraz A Faithful Soldier of Pancho Villa autorstwa Emilio pojawił się na 5. Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Moskwie.
W Hollywood brał udział w produkcji takich filmów, jak Noc iguany (1964, w reżyserii Johna Hustona, z Richardem Burtonem i Avą Gardner), Powrót siedmiu wspaniałych (1966, z Yulem Brynnerem), Dajcie mi głowę Alfredo Garcii (1974, reżyser Sam Peckinpah) oraz Pod wulkanem (1984). Ostatni film w jakim wystąpił to Arriba Michoacán z 1987 roku.
Życie prywatne Fernández od 1949 roku do jego śmierci żył z meksykańską aktorką Columbą Domínguez, z którą miał córkę o imieniu Jacaranda. Emilio miał także drugą córkę, pisarkę Adelę. W latach 1964–1970 Emilio był w związku z Beatriz Castanedą. Był zakochany w swojej muzie, Dolores del Río, lecz to uczucie pozostało nieodwzajemnione.