Sprawa zamieszek w Nowoberezowie Antoni Pańkowski po przybyciu do Nowoberezowa w październiku 1838 r. oznajmił wiernym, że w odróżnieniu od biskupa i dziekana nie chce być „schizmatykiem”. Wówczas tłum zaatakował obecnego również we wsi dziekana ks. Adama Kostycewicza i zażądał przywrócenia Pańkowskiemu praw do nowoberezowskiego probostwa, zarzucał mu również wprowadzanie „schizmatyckiego wyznania” poprzez wstawianie do świątyń ikonostasów i usuwanie organów oraz monstrancji. Pod naciskiem tłumu dziekan zgodził się wystawić na piśmie zobowiązanie, iż Pańkowski pozostanie proboszczem w Nowoberezowie. Sam duchowny nie brał udziału w zamieszkach, aby nie odpowiadać za podburzanie tłumu. Sprawą zamieszek w Nowoberezowie zajęła się specjalna komisja pod przewodnictwem kpt. Stalińskiego. Władze kościelne skierowały do parafii nowoberezowskiej nowego proboszcza. Komisja uznała ks. Pańkowskiego za głównego inspiratora zamieszek we wsi. W końcu października 1838 r. Pańkowski przyjechał do Białegostoku, skąd został skierowany do Żyrowicz. Informacje o jego postępowaniu trafiły ponownie do oberprokuratora Świętego Synodu, który przekazał je carowi. Postanowił on surowo potraktować Antoniego Pańkowskiego oraz proboszcza parafii w Kleszczelach Antoniego Sosnowskiego, również zdeklarowanego przeciwnika prawosławia. 1 listopada 1838 r.