1 listopada 1989 rozformowano Batalion Graniczny Pomorskiej Brygady WOP w Szczecinie i strażnicę podporządkowano bezpośrednio dowódcy Pomorskiej Brygady WOP w Szczecinie, jako Strażnica WOP lądowa w KarsznieZarządzenie Organizacyjne nr 0357/Org. z dnia 29 września 1989 r., etat Pomorskiej Brygady WOP wprowadzony Zarządzeniem Org. MSW Nr 0112/Org. z dnia 8 września 1984 r.. Tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: 16 maja 1991, po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, strażnica w Nowym Warpnie-Karsznie weszła w podporządkowanie Pomorskiego Oddziału Straży Granicznej i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Nowym Warpnie-Karsznie (Strażnica SG w Karsznie-Nowym Warpnie).
W 2000 począwszy od Komendy Głównej SG, Oddziałów SG i na końcu strażnic SG oraz GPK SG, rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego.