W wyniku tego, 2 stycznia 2003, nastąpiło zniesie Strażnicy SG w Nowym Warpnie-KarsznieZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 13.12.2002 zmieniające zarządzeni e w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk. Ochraniany przez strażnicę odcinek granicy, wraz z obiektami i obsadą etatową przejęła Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Trzebieży (GPK SG w Trzebieży).
Ochrona granicy thumb|Żołnierze WOP na kutrze patrolowym KR-70 Jesion w czasie pełnienia służby granicznej jako dozór na Jeziorze Nowowarpieńskim (1982) W 1956 na odcinku strażnicy funkcjonował punkt kontroli ruchu rybackiego (PKRR), w których kontrolę graniczną i celną osób, towarów oraz środków pływających wykonywała załoga strażnicy: PKRR Nowe Warpno.
W maju 1956 68 strażnica WOP Podgrodzie została rozwiązana, a ochraniany odcinek granicy państwowej przejęła 67 strażnica WOP Karszno.