Wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym, na przełomie lipca/sierpnia 1939 ochotniczo zgłosił się do macierzystego 16 pułku ułanów. Po wybuchu II wojny światowej w okresie kampanii wrześniowej pełnił w nim stanowisko dowódcy taboru bojowego. Po agresji ZSRR na Polskę w dniu 17 września 1939, podczas kierowania się w stronę granicy z Rumunią został wzięty do niewoli przez Sowietów. Wpierw został osadzony w obozie zbiorczym w Szepetówce, gdzie spotkał się ze swoim synem, również aresztowanym. W późniejszej relacji syna, Henryk Gorzechowski spotkał tam Ingusza, byłego znajomego z Kaukaskiej Tubylczej Dywizji Konnej, wówczas funkcjonariusza NKWD (w obozie przekazał mu jedzenie).
Następnie wraz z innymi jeńcami zostali przetransportowani do obozu w Kozielsku i tam osadzeni w obszarze klasztornym. W ostatnim transporcie z 11 maja 1940Datę 11 maja 1940 wskazał syn Henryk Mikołaj, obecny przy zabraniu ojca (funkcjonariusz NKWD wyczytując imię i nazwisko „Henryk Goryszewski” pierwotnie nie wiedział, że jest dwóch jeńców o tej tożsamości. Dowiadując się o tym, nie przywiązał do tego wagi i wezwał do transportu ojca;