Po zakończeniu działań represyjnych w Bydgoszczy, 19 września Einsatzgruppe IV znalazła się w Białymstoku skąd 24 godziny przed oddaniem miasta w zarząd radziecki, skierowała się przez Ełk do Wystrucia. W końcu września ponownie skierowała się w kierunku Mazowsza i przez Pułtusk, Zatory oraz Jabłonnę dotarła wraz z niemiecką 8 armią 1 października 1939 roku do Warszawy. Część członków tej grupy oddelegowano także do Łodzi w celu nawiązania kontaktu z Einsatzgruppe III. Równocześnie dziesięcioosobowy oddział wydzielony skierowano także do Lublina, gdzie zasilił Einsatzgruppe II.
W Warszawie Einsatzgruppe IV zajęła wówczas gmach Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego przy al. Szucha nr 25. Od pierwszych chwil przybycia do Warszawy, funkcjonariusze Einsatzgruppe IV przystąpili do realizacji swoich zadań operacyjnych, dokonując licznych rewizji i masowych aresztowań. Celem byli przedstawiciele szeroko rozumianej „polskiej warstwy przywódczej” przeznaczeni do eliminacji w ramach akcji Intelligenzaktion. Część aresztantów rozstrzelano, część więziono, a resztę wysyłano do obozów koncentracyjnych.