Już 2 października EG IV aresztowało kilkuset Polaków z kręgów inteligencji, których w charakterze zakładników jako pierwszych więźniów osadzono na Pawiaku. Historycy przypisują EG IV m.in. aresztowanie ostatniego przedwojennego prezydenta miasta Warszawy Stefana Starzyńskiego. 8 października funkcjonariusze tej grupy operacyjnej aresztowali również 354 warszawskich księży i nauczycieli. EG IV aresztowała wówczas m.in. czołowych przedstawicieli kościoła ewangelickiego w Polsce, trzech braci Edmunda, Alfreda oraz Teodora Bursche.
Zakładników rekrutujących się z „polskiej warstwy przywódczej” Niemcy rozstrzeliwali w tajemnicy w różnych lokalizacjach miasta. Pierwsze potajemne egzekucje w czystkach etnicznych przeprowadzano od października do kwietnia 1940 roku na terenie tzw. ogrodu sejmowego – położonego na tyłach budynków sejmowych, na stokach skarpy wiślanej. Największe nasilenie akcji miało miejsce jesienią 1939. Jednorazowo rozstrzeliwano od kilku do kilkunastu aresztowanych. Aresztantów zmuszano najpierw do uklęknięcia pod ścianą, po czym rozstrzeliwano ich ogniem broni maszynowej. Ciała ofiar początkowo zakopywano na terenie ogrodów sejmowych, a później w ramach akcji zacierania śladów zbrodni palono lub wywożono w inne lokalizacje. Egzekucji dokonywali członkowie EG IV oraz policjanci niemieccy z 301.